การเรียนรู้ในโรงเรียนทอสีไม่ได้ให้ความสำคัญแค่วิธีการสอนที่จะทำให้เด็กๆ กลายเป็นคนเก่งเฉพาะด้านวิชาการ แต่โรงเรียนได้นำวิธีการเรียนรู้ตามหลักพุทธศาสนา 3 ขั้นตอนนั้นคือ ปริยัติ ปฏิบัติ และปฏิเวธ มาปรับใช้ ซึ่งหลักการนี้ใกล้เคียงกับหลักการเรียนรู้ตามแบบศึกษาศาสตร์อย่าง plan-do-review แต่มีความละเอียดลึกซึ้งไปถึงด้านอารมณ์ นอกจากความรู้ที่ได้จากการเรียน เด็กๆ ที่ทอสีจึงรู้จักการสะท้อนความคิดของตนเองระหว่างเรียน และรู้จักหาวิธีให้ตนเองเรียนได้อย่างมีประสิทธิภาพมากที่สุด

ปริยัติ ถือเป็นกระบวนการแรกที่เกิดขึ้นในทุกวิชา เริ่มจากการที่คุณครูจะชวนให้เด็กๆ คิดหาเหตุผลของการเรียนวิชานั้นๆ เพื่อพวกเขาจะสามารถเชื่อมโยงบทเรียนในห้องเข้ากับเรื่องราวต่างๆ ในชีวิตประจำวันได้

หลังจากนั้นเด็กๆ ทุกคนจะได้ลงมือ ปฏิบัติ จริงเพื่อให้เกิดความเข้าใจในบทเรียนมากที่สุด แต่นอกจากการลงมือทำแล้ว พวกเขายังต้องเรียนรู้ที่จะสะท้อนความรู้สึกข้างในระหว่างเรียนออกมาให้ได้ เช่น ความรู้สึกเบื่อ ชอบ ไม่ชอบ แล้วหาต้นเหตุของความรู้สึกเหล่านั้นให้เจอ เด็กบางคนอาจพบว่าที่เขาไม่ชอบวิชาคณิตศาสตร์ เป็นเพราะคุณครูสอนเร็วเกินไป พอรู้ต้นเหตุแล้วคุณครูก็จะพาเด็กๆ หาทางออกไปด้วยกัน เพื่อไม่ให้นี่เป็นแค่การปฏิบัติในวิชาเรียนเท่านั้น แต่ยังเป็นการปฏิบัติเพื่อให้เกิดการเรียนรู้จริงๆ ด้วย

เมื่อเด็กๆ เจอวิธีการเรียนรู้ที่ใช่ จึงนำไปสู่กระบวนการสุดท้ายอย่าง ปฏิเวธ หรือการที่เด็กๆ ต้องนำวิธีการเรียนรู้ที่เหมาะสมกับตนเองไปปรับใช้กับการเรียนรู้ในวิชาอื่นๆ หรือในการใช้ชีวิตต่อไป เพื่อพวกเขาจะได้เกิดความเข้าใจอย่างกระจ่างแจ้งกับเรื่องอื่นๆ ในชีวิต เหมือนกับที่พวกเขาสามารถทำได้ในห้องเรียน และกระบวนการทั้ง 3 ขั้นตอนนี้จะเกิดขึ้นอีกครั้ง เมื่อมีการเรียนรู้ครั้งถัดไป

เด็กๆ ทุกคนในโรงเรียนทอสีจะได้เรียนรู้ในสิ่งที่เหมาะสมกับวัยของพวกเขามากที่สุด ดังนั้นการเรียนรู้ที่นี่จึงไม่ใช่แค่การเปิดบทเรียนจากตำราวิชาการเท่านั้น แต่ยังรวมไปถึง บทเรียนจากการใช้ชีวิต ที่จะเกิดขึ้นในแต่ละช่วงวัยของพวกเขาด้วย

น้องๆ ชั้นอนุบาลจะได้เรียนรู้วิธีการดูแลรับผิดชอบตัวเอง ฝึกฝนการเป็นที่พึ่งของตนเองในเบื้องต้น อย่างเช่น การถือกระเป๋าเดินเข้าห้องเรียนเอง และการทำกิจวัตรประจำวันต่างๆ เมื่อโตขึ้น พี่ประถมจะได้ฝึกการคิดวิเคราะห์ การจัดการอารมณ์ และการอยู่ร่วมกันอย่างเป็นกัลยาณมิตร ผ่านทุกๆ กิจกรรมในโรงเรียน ตั้งแต่การทำเวรในห้องเรียน การฝึกแยกขยะ การทำกิจกรรมจิตอาสาไปจนถึงการเรียนวิชาต่างๆ ซึ่งอาจเป็นเรื่องที่พวกเขาชอบทำบ้าง ไม่ชอบทำบ้าง แต่เด็กๆ ทุกคนจะถูกฝึกให้อดทนทำในสิ่งที่หลากหลาย และอยู่กับสิ่งที่ไม่ชอบให้มีความสุขที่สุด เพื่อเตรียมพร้อมให้พวกเขาเป็นเด็กที่แข็งแกร่งในสังคมที่กว้างใหญ่ต่อไปในอนาคต

คุณครูประจำชั้นแต่ละห้องจะทำหน้าที่เป็นผู้ให้คำแนะนำและช่วยให้เด็กๆ ได้เรียนรู้ตามวิธีการที่เหมาะสมกับตนเองมากที่สุด ด้วยการพยายามทำความเข้าใจเด็กๆ ที่มีบุคลิกหลากหลาย และมีวิธีการเรียนรู้แตกต่างกัน แล้วช่วยผลักดันให้เด็กทุกคนค่อยๆ เติบโตจนสามารถพึ่งตนได้ในแบบของตัวเอง