โรงเรียนทอสีได้จัดสรรและดูแลพื้นที่ทั้งหมดให้มีสภาพแวดล้อมที่รมณีย์ หรือมีความเป็นธรรมชาติ ร่มรื่น สงบ สะอาด และมีความเป็นระเบียบ เอื้อต่อการเรียนรู้และพัฒนาชีวิต เพราะโรงเรียนมองว่าการเรียนรู้ที่ดีไม่ได้เกิดแค่เฉพาะในห้องเรียนเท่านั้น แต่การเรียนรู้ยังเกิดได้ผ่านการลงไปสำรวจ จดบันทึก และสร้างความคุ้นเคยกับธรรมชาติ ซึ่งเด็กๆ จะได้เห็นว่าสิ่งแวดล้อมรอบตัวล้วนเป็นส่วนหนึ่งในชีวิตของพวกเขา มากกว่าอาคารเรียน โรงเรียนทอสีจึงให้ความสำคัญไปถึงการดูแลธรรมชาติและสิ่งมีชีวิตน้อยใหญ่ในโรงเรียนด้วย
โรงเรียนทอสีมีอาคารต่างๆ รวม 5 อาคาร โดยทุกอาคารได้รับความเมตตาจากพระเทพพัชรญาณมุนี (ท่านเจ้าคุณอาจารย์ชยสาโร) ในการตั้งชื่อ ตั้งแต่ อาคารก่อกุศล อาคารหลังแรก ใช้เป็นห้องเรียนของเด็กๆ ชั้นอนุบาล 2 อนุบาล 3 และประถมศึกษาปีที่ 1 อาคารเพาะปัญญา อาคารเรียนชั้นประถมศึกษา อาคารใจงาม อาคารเรียนของน้องเล็กอนุบาล 1 ห้องเรียนเสริมทักษะ และห้องประชุม ซึ่งห้องเรียนที่อยู่ในแต่ละอาคารจะตั้งชื่อตามพันธุ์ไม้ดอกและไม้ยืนต้นที่พบเจอได้ในโรงเรียน ที่สำคัญห้องเรียนทุกห้องยังถูกออกแบบให้โล่ง โปร่งสบาย ช่วยให้เด็กๆ เรียนรู้ได้อย่างมีความสุข และสามารถทำกิจกรรมร่วมกับคุณครูในห้องเรียนได้อย่างสะดวกสบาย
นอกจากอาคารเรียนต่างๆ โรงเรียนทอสียังมีอาคารส่วนกลาง ที่ทุกๆ คนสามารถใช้ประโยชน์ร่วมกันได้ นั่นคือ อาคารไม่วุ่น ซึ่งได้ชื่อมาเพื่อช่วยลดความวุ่นวายครั้งตึกยังเป็นสำนักงานเก่าที่มีคนเข้าออกเป็นประจำ ในปัจจุบันอาคารหลังนี้เป็นห้องสมุดที่เปิดให้เด็กๆ เข้ามาหาความรู้ระหว่างคาบเรียน หรือจะมานั่งเล่นในช่วงพักกับเพื่อนๆ พร้อมอ่านหนังสือเล่มโปรดก็ได้ และ อาคารธุรการ อาคารใหม่ซึ่งใช้เป็นห้องทำงานและห้องประชุมของบุคลากรในโรงเรียนทอสี
นอกจากเด็กๆ จะเรียนหนังสือในห้องเรียนแล้ว ธรรมชาติยังเป็นคุณครูคนสำคัญที่ช่วยสอนพวกเขาให้รู้จักเชื่อมโยงตัวเองเข้ากับสิ่งแวดล้อม โรงเรียนจึงจัดสรรพื้นที่นอกห้องเรียนให้เกิดระบบนิเวศที่สมบูรณ์ สอดคล้องกับบทเรียนของนักเรียนทุกๆ ชั้น เพื่อให้เด็กๆ สามารถลงมาเรียนและเล่นได้อย่างเกิดประโยชน์
ลานน้ำพุ จุดยอดนิยมที่เด็กๆ ทั้งอนุบาลและประถมสามารถลงมาเรียนรู้เรื่องระบบนิเวศได้ เพราะภายในลานน้ำพุมีทั้งน้ำ พืช ก้อนหิน สัตว์ ทำให้เด็กๆ ได้เห็นการเกื้อกูลกันของระบบนิเวศ ได้รู้จักพันธุ์พืชที่หลากหลาย หรือพี่ๆ ชั้นโตก็สามารถเข้ามาเรียนเรื่องแรงโน้มถ่วงของน้ำพุได้ด้วย
สนามเด็กเล่นและสนามทราย ในยามพักเที่ยงและเลิกเรียน ที่แห่งนี้คือพื้นที่วิ่งเล่นของเด็กๆ แต่ในชั่วโมงเรียน นี่คือห้องเรียนที่ทำให้เด็กๆ ได้รู้จักกับแมลงหลายชนิด ต้นไม้หลากพันธุ์ ที่มาที่ไปของทราย ไปจนถึงวิธีการดูแลตัวเองให้เล่นอย่างปลอดภัย เป็นมิตรกับสัตว์และต้นไม้ใบหญ้ารอบตัว
พื้นที่สีเขียวรูปแบบใหม่ แม้ว่าทอสีจะมีการปรับปรุงพื้นที่ในรูปแบบใหม่ แต่พื้นที่สีเขียวก็ยังเป็นสิ่งที่โรงเรียนให้ความสำคัญมากเป็นอันดับต้นๆ โรงเรียนจึงดึงพื้นที่ทำกิจกรรมของเด็กๆ เหล่านี้ ให้เข้ามาใกล้ชิดกับเด็กๆ มากขึ้น ไม่ว่าจะเป็นการทำพื้นที่ปลูกต้นไม้เพิ่ม ทำลานเกษตรบน sky walk ทำสวนตามแนวกำแพง และสวนระเบียงที่เด็กๆ แต่ละชั้นเป็นเจ้าของ พวกเขาจึงสามารถเรียนรู้ได้โดยไม่ต้องเดินไปไกลจากห้องเรียนของตัวเองนัก
เมื่อมีวิชาเรียนรู้ธรรมชาติ พื้นที่สีเขียวตรงนี้ก็ทำให้เด็กๆ ได้มีโอกาสเห็นต้นไม้ในอีกมุมหนึ่ง จากแต่ก่อนเคยนั่งเรียนบนพื้น รอคุณครูตัดกิ่งก้านต้นไม้มาให้ ตอนนี้เด็กๆ ก็สามารถเดินขึ้นไปดูต้นไม้อย่างใกล้ชิดบน sky walk ได้ เห็นกิ่งไม้ใบไม้โดยไม่จำเป็นต้องตัดลงมา เห็นแมลงและที่อยู่อาศัยของพวกมันอย่างใกล้ชิด และ sky walk ยังถูกออกแบบมาเพื่อลดความแออัดในการเล่น เพราะเครื่องเล่นของพี่ๆ ชั้นประถมได้ถูกย้ายขึ้นไปบน sky walk แบ่งโซนชัดเจน เพิ่มความปลอดภัย และเพิ่มความหลากหลายมากยิ่งขึ้น เพื่อพัฒนาทักษะต่างๆ ของเด็กๆ เช่น ทักษะการใช้กล้ามเนื้อ ทักษะการทรงตัว และทักษะ coordination เป็นต้น
เนื่องจากชื่อห้องเรียนของทอสีทุกห้องตั้งมาจากชื่อต้นไม้รอบโรงเรียน ดังนั้นเมื่อเปิดเทอมใหม่ นักเรียนแต่ละชั้นจะมีโอกาสออกไปทำความรู้จักกับต้นไม้ที่มีชื่อเดียวกับชื่อห้องของตัวเอง ซึ่งเติบโตอยู่รอบๆ โรงเรียน เช่น จามจุรี ต้นไม้ที่เป็นคุณปู่อายุยืนของเด็กๆ สาละ กล้วยไม้ พุด มะลิ ฯลฯ นอกจากนี้ใกล้กับสนามเด็กเล่นยังมี ประดู่ ต้นใหญ่ 3 ต้น ออกดอกสีเหลืองส่งกลิ่นหอมทุกหน้าฝน ในวันที่อากาศดีเด็กๆ ก็สามารถมาเล่นปีนป่ายเชือกที่ผูกไว้กับต้นประดู่ได้ด้วย
ที่บริเวณรอบศาลารู้แจ้ง เป็นจุดปลูก แก้วเจ้าจอม ดอกไม้ประจำโรงเรียนที่คุณยายทอสีเป็นคนนำมาให้ และในบริเวณใกล้กันก็มีต้น ลั่นทม ดอกสวย เป็นจุดเรียนรู้ให้พี่ใหญ่สอนน้องเล็กระวังพิษจากยางของกิ่ง
ไม่เพียงแค่เด็กๆ จะเรียนรู้การอยู่อย่างเกื้อกูลกับต้นไม้ที่ให้ความร่มรื่นเท่านั้น แต่พวกเขายังได้รู้จักที่จะอยู่กับสิ่งมีชีวิตน้อยใหญ่ในโรงเรียนด้วย ทุกๆ วันที่โรงเรียนจะมีนกขาประจำซึ่งอาศัยอยู่กับต้นไม้และระบบนิเวศแห่งนี้ แวะเวียนกันมาโผล่หน้าให้เห็น เช่น นกเขา นกกระจอก นกอีแพรด และ นกเอี้ยง ส่วนในวันที่อากาศดีเด็กๆ ก็อาจจะได้เจอกับนกพันธุ์หายากที่ธรรมชาติระบายสีสดใสให้ เช่น นกตีทอง นกกะลา นกจาบคาเล็ก ที่แวะมาอิงอาศัยในช่วงหน้าหนาว และนกตะขาบทุ่ง ที่เด็กๆ สามารถเห็นได้จากยอดไม้ไกลๆ หากวันไหนมีวิชาห้องเรียนธรรมชาติ คุณครูก็จะพาเด็กๆ มาส่องนก ฟังเสียง เปิดตำราดูชนิด ก่อนจะวาดรูปเก็บไว้เพื่อนำมาติดบอร์ดในช่วงท้ายเทอม