ปรัชญาของโรงเรียนทอสีเป็นคำที่พระเทพพัชรญาณมุนี (ท่านเจ้าคุณอาจารย์ชยสาโร) มอบให้ สอดคล้องกับคำกล่าวที่ว่า ‘ชีวิตคือการศึกษา การศึกษาคือชีวิต’ ยิ่งเมื่อได้ศึกษาพุทธศาสนามากขึ้น เราจะพบว่าพุทธศาสนามีบทเรียนเกี่ยวกับชีวิตมากมาย ทั้งสอนให้รู้จักผิด ชอบ ดี ชั่ว (สัมมาทิฏฐิ) รู้จักกาลเทศะ มีกุศโลบายและสอนทักษะในการใช้ชีวิต
ต่างจากการศึกษาทั่วไปที่สอนให้เรามีความรู้สูงขึ้นเท่านั้น แต่ไม่ได้สอดแทรกการใช้ชีวิตเข้าไปด้วย สุดท้ายผู้เรียนรู้อาจไม่ได้เป็นบัณฑิตที่แท้จริง เพราะการเป็นบัณฑิตที่แท้จริง ไม่ใช่การจบการศึกษาในระดับสูง หรือเป็นผู้ที่ฉลาดที่สุด แต่คือผู้ที่มีกิเลสน้อย รู้จักควบคุมกิริยามารยาททั้งด้านกายและใจ แม้ไม่ได้เป็นคนเก่งด้านวิชาการ ก็ไม่เป็นปัญหาของสังคม
โรงเรียนทอสีมีเป้าหมายตามหลักพุทธปัญญา หรือ Buddhist Wisdom เริ่มต้นจากการมีสัมมาทิฏฐิ รู้จักผิด ชอบ ชั่ว ดี เข้าใจเหตุปัจจัยของการเกิดสิ่งต่างๆ นี่ถือเป็นเข็มทิศในการดำเนินชีวิตที่โรงเรียนทอสีนำมาใช้สร้างครู เด็ก และผู้ปกครองผู้เป็นนักศึกษาตลอดชีวิต ทั้งในด้านวิชาการ วิชาชีพ และวิชาชีวิต
ด้วยการเรียนการสอนและกิจกรรมที่ส่งเสริมให้ทุกๆ คนในรั้วทอสีรู้จักการพึ่งตนเอง แต่ก็ยังสามารถนำสิ่งที่ได้เรียนรู้ออกไปสร้างชุมชนกัลยาณมิตรเพื่อเป็นประโยชน์ในโลกภายนอก และพร้อมที่จะอยู่ร่วมกับสังคมโลกที่เปลี่ยนแปลงอย่างมั่นคง
โรงเรียนทอสีเชื่อว่าสถานที่ต่างๆ เป็นดั่ง ‘เบ้าหลอม’ บุคคล ให้เป็นไปในแนวทางที่ดีและไม่ดี โรงเรียนทอสีจึงอยากเป็นเบ้าหลอมที่ส่งต่อสิ่งดีๆ ไปสู่สังคมใหญ่ภายนอก ด้วยการสร้างวัฒนธรรมอันดีงามแก่สมาชิกในรั้วโรงเรียนทุกคน ให้เป็นผู้มีเมตตาและรู้จักแสวงหาความรู้
จากคำสอนทางพระพุทธศาสนาที่ว่า ‘จิตเป็นนาย กายเป็นบ่าว’ โรงเรียนทอสีจึงให้ความสำคัญกับเรื่องจิตใจไม่แพ้เรื่องความรู้ เพราะสังคมที่ดีจะเกิดขึ้นได้ก็ต่อเมื่อผู้คนมี เมตตา รู้จักพัฒนาระดับจิตใจของตนเองให้สูงขึ้นไป ทั้งการมีกิริยามารยาทดีงาม การรู้จักเอาใจใส่ผู้อื่น การรักษาศีล 5 การรู้จักใช้ทรัพยากรรอบตัวอย่างรู้คุณค่าและเกิดประโยชน์ การให้ความช่วยเหลือเพื่อนมนุษย์โดยไม่ต้องรีรอ และการให้อภัยเมื่อผู้อื่นทำผิดพลาด
ในขณะเดียวกันก็ต้องรู้จัก แสวงปัญญา หาความรู้ทั้งทางวิชาการและธรรมะด้วยการฟังธรรมและปฏิบัติธรรมอย่างต่อเนื่อง รู้จักแก้ปัญหาหากเกิดข้อสงสัยในการเรียนรู้ หากไม่สามารถแก้ปัญหาเองได้ ก็ควรหาที่ปรึกษาที่เป็นกัลยาณมิตรคอยช่วยเหลือ แม้มีความรู้มากแล้วก็ต้องไม่หยุดเรียนรู้ หมั่นหาความรู้เพิ่มเติมอย่างสม่ำเสมอ
โดยข้อปฏิบัติที่เป็นวัฒนธรรมของโรงเรียนเหล่านี้ ถือเป็นหลักธรรมที่โรงเรียนได้สกัด กลั่นกรอง แล้วย่อยให้เข้าใจง่าย เพื่อให้สมาชิกในชุมชนทอสี ไม่ว่าจะเป็นนักเรียน ครู หรือผู้ปกครอง สามารถนำไปปรับใช้ในชีวิตประจำวัน
การเป็นผู้เรียนรู้ในโรงเรียนทอสี เน้นการพัฒนาตนเองตามหลักภาวนา 4 ซึ่งสอดคล้องกับหลักพัฒนา 4 ด้านของเด็กๆ ระดับอนุบาล แต่ในทางพุทธศาสนา หลักทั้ง 4 นี้ไม่เพียงเน้นแค่การพัฒนาการทางด้านร่างกายและวิชาความรู้เท่านั้น แต่ยังรวมไปถึงการพัฒนาในระดับจิตใจและอารมณ์ ซึ่งใช้ได้จริงกับผู้เรียนรุ้ทุกเพศทุกวัย
โดยหลักภาวนา 4 ประกอบไปด้วย
กาย หรือความสัมพันธ์ระหว่างตนเองกับทรัพยากรรอบตัว ไม่ว่าจะเป็นการเคารพปัจจัย 4 ธรรมชาติ ของกิน ของใช้ และเทคโนโลยีต่างๆ ที่เราต้องรู้จักใช้อย่างรู้คุณค่า
ศีล ความสัมพันธ์ระหว่างตัวเราและบุคคลรอบข้าง อย่างการรักษาศีล 5 การเป็นผู้มีกิริยามารยาทเหมาะสม มีเมตตา ปรารถนาดีต่อผู้คนในชุมชน รู้จักตักเตือนกันด้วยความหวังดีเพื่อเป็นกัลยาณมิตรที่ดีต่อกัน และไม่ลืมที่จะเคารพบุคคลอื่นเสมอ
จิต คือการเป็นผู้มีสุขภาพจิตดี ผ่านการมีสมรรถภาพจิตที่ดี ด้วยการฝึกจิตให้เข้มแข็ง ฝึกสมาธิให้เป็นผู้รู้จักติดตามดู รู้ทันจิต ความคิด และอารมณ์ของตนเอง ที่สำคัญต้องรู้จักปลูกฝังคุณธรรมลงในจิตใจ ให้จิตใจมีคุณภาพ นำไปสู่การเป็นผู้มีสุขภาวะจิตที่ดีได้ในที่สุด
สุดท้าย ปัญญา หรือการรู้เท่าทันอารมณ์และความผิดชอบชั่วดี ทำในสิ่งที่ถูกที่ควร ในทางพุทธศาสนา ปัญญาจึงไม่ใช่การเป็นผู้มีวิชาความรู้เยอะ เพราะวิชาการต่างๆ ล้วนเปลี่ยนแปลงได้ตลอดเวลา แต่ปัญญาที่เกิดขึ้นภายในจะเป็นสิ่งที่ติดตัวเราตลอดไป
นอกจากนี้โรงเรียนได้นำทฤษฎีการศึกษาทั้งในและต่างประเทศมาประยุกต์ใช้ให้เหมาะสมกับสิ่งแวดล้อมของทอสี จนเกิดเป็นการเรียนรู้ 3 หลักใหญ่ตามหลักพุทธธรรมนั่นคือ ปริยัติ การเรียนรู้ในสิ่งที่เหมาะสม ปฏิบัติ การลงมือทำอย่างเอาจริงเอาจังเพื่อให้เกิดความรู้ และ ปฏิเวธ การพัฒนาความรู้ให้กลายเป็นการรู้แจ้ง ซึ่งความรู้ทั้งหมดสามารถนำไปปรับใช้ได้ทั้งทางวิชาการ วิชาชีพ และวิชาชีวิต เพื่อสร้างสังคมที่ดี มั่นคง ไม่ไหลไปตามกระแส
โดยโรงเรียนทอสีเน้นการจัดการศึกษาที่ใช้ชีวิตเป็นตัวตั้ง ทำให้บทเรียนต่างๆ สามารถใช้ได้จริงทุกเวลา ทุกสถานที่ ไม่จำกัดว่าผู้เรียนจะต้องเป็นเด็กเท่านั้น แต่ทอสียังมุ่งสร้างครู บุคลากร และผู้ปกครองที่จะเป็นนักศึกษาตลอดชีวิตไปด้วยกันผ่านกิจกรรมต่างๆ ในโรงเรียน
